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La reconciliación Duplicación-Transferencia-Pérdida (DTL) es una técnica potente y cada vez más popular para estudiar la evolución de las familias de genes microbianos. La reconciliación DTL requiere el uso de árboles genéticos enraizados para realizar la reconciliación con el árbol de especies, y la técnica estándar para enraizar árboles genéticos es asignar una raíz que resulte en el mínimo coste de reconciliación a través de todos los enraizamientos de ese árbol genético. Sin embargo, aunque se sabe que muchos árboles genéticos tienen múltiples raíces óptimas, sólo se elige al azar una única raíz óptima para crear el árbol genético enraizado y realizar la reconciliación. Esto sigue siendo un problema importante que se ha pasado por alto y no se ha abordado en la reconciliación de DTL, lo que lleva a inferencias evolutivas incorrectas. En este trabajo, realizamos un análisis en profundidad del impacto del enraizamiento incierto del árbol genético en la reconciliación DTL computada y proporcionamos las primeras herramientas computacionales para cuantificar y negar el impacto de la incertidumbre del enraizamiento del árbol genético en la reconciliación DTL.
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La reconciliación Duplicación-Transferencia-Pérdida (DTL) es un potente método para estudiar la evolución de las familias de genes en presencia de la transferencia horizontal de genes. La reconciliación DTL busca reconciliar los árboles de genes con los árboles de especies postulando eventos de especiación, duplicación, transferencia y pérdida. Existen algoritmos eficientes para encontrar reconciliaciones DTL óptimas cuando el árbol de genes es binario. En la práctica, sin embargo, los árboles de genes son a menudo no binarios debido a la incertidumbre en las topologías de los árboles de genes, y se sabe que la reconciliación DTL con árboles de genes no binarios es difícil de NP. En este trabajo, presentamos los primeros algoritmos exactos para la reconciliación DTL con árboles genéticos no binarios. Específicamente, (i) mostramos que el problema de reconciliación DTL para árboles genéticos no binarios es tratable con parámetros fijos en el grado máximo del árbol genético, (ii) presentamos un algoritmo de tiempo exponencial, pero eficiente en la práctica, para rastrear y enumerar todas las resoluciones binarias óptimas de un árbol genético de entrada no binario, y (iii) aplicamos nuestros algoritmos a un gran conjunto de datos empíricos de más de 4.700 árboles genéticos de 100 especies para estudiar el impacto de la incertidumbre del árbol genético en la reconciliación DTL y para demostrar la aplicabilidad y utilidad de nuestros algoritmos. Las nuevas técnicas y algoritmos introducidos en este artículo ayudarán a los biólogos a evitar inferencias evolutivas incorrectas causadas por la incertidumbre de los árboles genéticos.
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La reconciliación Duplicación-Transferencia-Pérdida (DTL) ha surgido como una poderosa técnica para estudiar la evolución de las familias de genes en presencia de la transferencia horizontal de genes. La reconciliación DTL toma como entrada una filogenia de familias de genes y la correspondiente filogenia de especies, y reconcilia las dos postulando eventos de especiación, duplicación de genes, transferencia horizontal de genes y pérdida de genes. Existen algoritmos eficientes para encontrar reconciliaciones DTL óptimas cuando el árbol de genes es binario. Sin embargo, los árboles de genes suelen ser no binarios. Con estos árboles de genes no binarios, el problema de reconciliación busca encontrar una resolución binaria del árbol de genes que minimice el coste de reconciliación. Dada la prevalencia de los árboles genéticos no binarios, se han desarrollado muchos algoritmos eficientes para este problema en el contexto del modelo de reconciliación más simple de Duplicación-Pérdida (DL). Sin embargo, no existen algoritmos eficientes para la reconciliación DTL con árboles de genes no binarios y la complejidad del problema sigue siendo desconocida. En este trabajo, resolvemos esta cuestión abierta demostrando que el problema es, de hecho, NP-duro. Nuestra reducción se aplica tanto a las formulaciones fechadas como a las no fechadas de la reconciliación DTL. Al resolver este problema abierto desde hace tiempo, este trabajo estimulará el desarrollo de algoritmos tanto exactos como heurísticos para este importante problema.
Conciliar
En este apartado se analizan los principios de elegibilidad cuando el demandante ha abandonado voluntariamente el empleo por razones asociadas a circunstancias domésticas, como el cuidado del hogar o de los hijos, la enfermedad o el fallecimiento de la familia, el matrimonio, la separación, la reconciliación y el divorcio. También se incluyen las situaciones en las que el demandante ha tomado por sí solo la decisión de renunciar y las situaciones en las que el abandono del demandante está influenciado por otras personas, como un cónyuge o una orden judicial.
“Familia” incluye a cualquier persona con la que el demandante haya tenido una relación sustancialmente igual de padre a hijo o de abuelo a nieto. Por ejemplo, el demandante puede haber sido criado por una tía o un tío en lugar de sus padres reales. Sin embargo, la relación que se desarrolla como resultado de tales circunstancias es equivalente a la de una relación padre-hijo. Por ello, el demandante puede sentirse igual de obligado con su tía o tío cuando los hechos plantean una cuestión de circunstancias domésticas”.
Sin embargo, aunque la circunstancia doméstica particular del demandante es la base para dejar voluntariamente su trabajo, el demandante también debe demostrar que su decisión de dejar el trabajo era razonable a la vista de todos los hechos. Las consideraciones importantes son que exista una obligación, que sea sustancial, que no exista ninguna alternativa razonable para cumplir esa obligación sin dejar el trabajo, y que las acciones del reclamante sean de buena fe y coherentes con un auténtico deseo de conservar el empleo”.